Trịnh Khắc Phục người làng Thủy Chú, huyện Lôi Dương, tỉnh Thanh Hoa (nay là làng Thủy Chú, xã Xuân Thắng, huyện Thọ Xuân, tỉnh Thanh Hóa), là con ông Trịnh Nhữ Lượng (鄭汝亮), mẹ là Quốc trưởng công chúa Lê Ngọc Tiên (黎玉躚), chị ruột của Thái Tổ Cao hoàng đế.

Theo gia phả, cụ tổ của họ Trịnh Thủy Chú là Trịnh Thậm (鄭葚), nguyên quán xã Cổ Cừu, huyện Đông Sơn, đi chơi đến xã Thuỷ Chú, thấy đất đai ở đó bằng phẳng, rộng rãi, rừng núi rậm tốt, ruộng vườn béo tốt, xây dựng nhà cửa ở đó. Chỉ sau 3 năm thành cơ nghiệp. Người lấy vợ là bà Lê Thị Hống (黎氏蕻), sinh con trai là ông Trịnh Thảm (鄭菼), về sau được tặng tước Hiến quốc công (憲國公). Ông Trịnh Thảm lấy bà Lê Thị Lâm (黎氏林), sinh được 4 người con trai. Con đầu là ông Trịnh Sai (鄭倩). Ông Trịnh Sai lấy bà Lê Thị Náo (黎氏鬧), sinh người con trai đầu lòng là ông Trịnh Thốn (鄭忖) và người con gái thứ là Trịnh Ngọc Thương (鄭玉蒼). Ông Trịnh Thốn được tặng tước Diên Chu hầu (衍朱侯), về sau lấy bà Lê Thị Thai (黎氏台), sinh được hai người con trai. Trai đầu là Nhữ Lượng, thứ là Di.

Bà Trịnh Ngọc Thương về sau lấy Tuyên Tổ hoàng đế Lê Khoáng (黎曠), sinh ra được Thái Tổ Cao hoàng đế Lê Lợi. Khi mất được đời sau tôn phong làm Trinh Từ Ý Văn Trang Hiến hoàng hậu (貞慈懿文莊獻皇后).